Ngày 1 tháng 8 năm 2017, Trầm Bê bị Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về kinh tế và tham nhũng của Bộ Công an Việt Nam bắt tạm giam trong vòng 4 tháng về hành vi Cố ý làm trái quy định của nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng. Cùng bị bắt giam 4 tháng là ông Phan Huy Khang (nguyên thành viên hội đồng tín dụng, nguyên Tổng giám đốc Sacombank) và 15 người là cựu cán bộ các ngân hàng TPBank, BIDV, giám đốc các công ty.... Chín người khác cũng bị khởi tố, song được tại ngoại. Vụ này nằm trong tiến trình điều tra giai đoạn hai, của đại án Phạm Công Danh (nguyên Chủ tịch HĐQT Ngân hàng xây dựng Việt Nam - VNCB, Tập đoàn Thiên Thanh) gây thất thoát 6.000 tỷ đồng.[3]

Bị cáo Phạm Công Danh khai là vì áp lực từ việc tăng vốn điều lệ, chi trả chăm sóc khách hàng nên mới phải vay tiền. Phan Thành Mai (nguyên Tổng giám đốc VNCB) đã giúp Phạm Công Danh rút hơn 6.000 tỉ đồng của VNCB gửi vào 3 ngân hàng TPBank, BIDV và Sacombank để đảm bảo cho 29 lượt công ty của Danh vay số tiển trên.

Tại ngân hàng Sacombank, Phan Huy Khang (nguyên Tổng giám đốc) chấp nhận ý kiến chỉ đạo của Trầm Bê, ký duyệt cho 6 công ty của Phạm Công Danh vay 1.700 tỉ đồng không thẩm định kỹ khách hàng vay, không thẩm định phương án kinh doanh. Khi hết hạn cho vay, Sacombank tự động trừ nợ số tiền 1.700 tỉ đồng trên tài khoản của VNCB gửi tại Sacombank, gây thất thoát cho VNCB số tiền 1.700 tỉ đồng.[24][25] Về tội này, ông Trầm Bê ngày 6.8.2018 bị TAND TPHCM tuyên án 4 năm tù.[26]